home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00602 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  48 lines
  1. ***************************************************
  2. * Single-strand binding protein family signatures *
  3. ***************************************************
  4.  
  5. The Escherichia coli single-strand  binding protein [1] (gene ssb), also known
  6. as the    helix-destabilizing protein, is  a  protein  of  177 amino acids. It
  7. binds tightly, as a homotetramer, to single-stranded DNA (ss-DNA) and plays an
  8. important role in DNA replication, recombination and repair.
  9.  
  10. Closely related  variants of SSB  are  encoded  in  the genome of a variety of
  11. large self-transmissible plasmids. SSB has also been characterized in bacteria
  12. such as Proteus mirabilis or Serratia marcescens.
  13.  
  14. Eukaryotic mitochondrial  proteins  that bind ss-DNA and are probably involved
  15. in mitochondrial  DNA replication are structurally and evolutionary related to
  16. prokaryotic SSB.  Proteins  currently  known  to  belong to this subfamily are
  17. listed below.
  18.  
  19.    - Mammalian protein Mt-SSB (P16) [2].
  20.    - Xenopus Mt-SSBs and Mt-SSBr [3].
  21.    - Yeast protein RIM1.
  22.  
  23. We have  developed  two  signature patterns for these proteins. The first is a
  24. conserved region  in  the  N-terminal  section  of the SSB's.  The second is a
  25. centrally located  region  which,  in  Escherichia  coli  SSB,  is known to be
  26. involved in the binding of DNA.
  27.  
  28. -Consensus pattern: [LIVMF]-x-[KR]-[LIVM]-x-[LIVM](2)-G-[NR]-[LIVM]-G-x-[DE]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern:  Almost  all
  30.  of them, with a few exceptions.
  31. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  32.  
  33. -Consensus pattern: T-x-W-[HY]-[RN]-[LIVM]-x-[LIVM]-F
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern:  Almost  all
  35.  of them, with a few exceptions.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  37.  
  38. -Last update: October 1993 / Text revised.
  39.  
  40. [ 1] Meyer R.R., Laine P.S.
  41.      Microbiol. Rev. 54:342-380(1990).
  42. [ 2] Tiranti V., Zeviani M., Rocchi M., Di Donato S.
  43.      Gene 126:219-225(1993).
  44. [ 3] Ghrir R., Lecaer J.-P., Dufresne C., Barat-Gueride M.
  45.      Arch. Biochem. Biophys. 291:395-400(1991).
  46. [ 4] van Dick E., Foury F., Stillman B., Brill S.J.
  47.      EMBO J. 11:3421-3430(1992).
  48.